Природњачко одјељење је најмлађе одјељење Музеја Херцеговине Требиње. У вријеме кад је Музеј основан (1955. године) као Завичајни Музеј за срез Требиње, организован је као установа комплесног типа кoja у свом саставу има: археолошку, етнографску, умјетничку и историјску збирку. Упоредо са почецима развоја Музеја јавља се идеја о формирању природњачке збирке која би обухватила флору и фауну са ове територије. У први мах се привремено одустало од формирања сталне изложбене поставке због недостатка потребног простора, материјалних средстава и кадрова, али је започет процес прикупљања и чувања природњачких експоната. Прикупљање је вршено откупом и у виду поклона донатора. Прикупљани су углавном препарирани животињски експонати али и минерали и фосили. Иако Музеј у то вријеме није имао стручне кадрове из области природних наука, већина експоната је уредно инвентарисана и успјешно сачувана до данас. Прегледом затеченог материјала стручњаци су констатовали да се могу издвојити двије збирке: геолошко-палеонтолошка и зоолошка.
Развој
Захваљујући донаторима (Министарство пољопривреде - шумарства и водопривреде РС, УНЕСКО, Свјетска Банка) обезбјеђују се неопходна материјална средства за адаптацију простора у поткровљу зграде Музеја, а са циљем прављења сталне природњачке поставке. Санација и адаптација простора је извршена током 2011. и 2012. године, када је поткровље које је било неусловно, без зидова, пода и освјетљења, адаптирано за потребе изложбене природњачке поставке. 2011. године је ангажован и кустос природњак који је задужен за збирку и будућу сталну поставку.