АБиблиотека Музеја Херцеговине је стручна библиотека чији је рад усклађен са радом и организацијом Музеја. У свом фундусу посједује 8 000 наслова публикација везаних за све области којима се Музеј бави, а то су археологија, етнологија, историја, историја умјетности, природне науке, нумизматика и музеологија. Велики дио фонда представљају серијске публикације, домаће и стране, а посjедује најзначајније археолошке, етнолошке и историјске часописе бивше Југославије, као и савремену стручну литературу, монографије и литературу везану за Херцеговину и њој сусједна подручја.
Корисници су, прије свега, радници Музеја, али и остала стручна и научна лица, истраживачи, спољни сарадници, студенти и ђаци.